Los bosques intertropicales son una fuente excepcional de diversidad biológica específica en macroorganismos, pero también están demostrando ser verdaderos viveros de microorganismos. En los últimos 50 años, se ha demostrado que algunos de estos microorganismos, originalmente presentes en los animales de los bosques o alojados en el medio ambiente, como el suelo o el agua, son patógenos de diversos grados de gravedad para las poblaciones humanas que están expuestas a ellos. En el presente documento se examinan las interacciones huésped-microorganismo que se encuentran en los bosques primarios desde una perspectiva tanto macroecológica como más funcional, utilizando cuatro ejemplos de agentes microbianos emergentes. Más que cualquier otro determinante, los cambios en el uso de la tierra, particularmente a través de la deforestación para el desarrollo agrícola, y el contacto con microorganismos a través de la biodiversidad, particularmente durante las prácticas de caza, exponen a los individuos susceptibles a estos nuevos peligros microbianos. Con la deforestación y la creciente exposición a la fauna silvestre, el riesgo de nuevas infecciones humanas se está convirtiendo en una realidad internacional que exige que las autoridades públicas tengan más en cuenta estos elementos para la seguridad sanitaria mundial.