La EMTr es una técnica de neuroestimulación no invasiva, reconocida en muchos países por su eficacia terapéutica en diversos trastornos psiquiátricos, su flexibilidad de uso y su buen historial de seguridad. Se trata de un dispositivo médico, regulado a nivel europeo, que cuenta con la marca CE. El objetivo de este artículo es describir las principales etapas de la implantación y puesta en marcha de una unidad de EMTr, en beneficio de los clínicos y de la dirección de los establecimientos sanitarios que prestan atención psiquiátrica. Se abordarán: el entorno, la composición del equipo, el equipamiento técnico necesario, las actividades clínicas y de investigación, las poblaciones clínicas objetivo, la formación teórica y práctica, la seguridad de los pacientes y de los profesionales, los aspectos éticos, reglamentarios y financieros.